故事开始在1905年,年迈的贵族Raoul Vicomte De Chagny正在巴黎歌剧院参加一场拍卖会。拍卖师拍到一个八音盒。在竞拍过程中,参与竞价的Giry夫人见Raoul想要这个八音盒,就放弃了。Raoul如愿得到了八音盒。随后,拍卖师又提到了下一个拍品:在著名的Phantom事件中摔得支离破碎的大吊灯(Chandelier)。为了让大家都能看清楚修复后的吊灯,拍卖师开启了吊灯上新安装的电灯,一时灯火通明,Phantom的主题音乐响起,舞台上的大吊灯也随之升起。
第一幕
舞台灯光恢复正常,而时间已经回到了30年前。那是巴黎歌剧院的舞台上,艺术总监Reyer先生正在帮助首席女高音Carlotta和首席男高音Piangi(Carlotta的情夫)排演歌剧Hannibal。而Giry夫人也正在指导伴唱伴舞的女孩子们进行联系。这时,即将退休的老经理带来了两位客人Firmin和Andre,他们两位即将接任歌剧院经理的位置。正当Carlotta准备为两位新领导献上一首当晚准备演出的Think of Me时,突然从舞台天幕上掉下来的一块布景引起了骚乱,大家纷纷猜测这是歌剧院的幽灵(Phantom of the Opera)干的。Carlotta耍起小脾气不肯继续排练,并且离场声称不再参加歌剧院的演出。正在焦急的时候,年轻的伴舞演员Meg Giry(Giry太太的女儿)提出让她的同伴,合唱团的Christine试试看,并得到了Giry夫人的支持。结果,在排练场和当晚的演出中,Christine的歌喉征服了所有的人,包括当晚到场观看演出的年轻的贵族Raoul。
回到后台,Meg问Christine是谁教会她这么美妙的歌喉,Christine却说不知道,并提起她去世了的父亲曾经提到过一个“音乐天使”(Angel of Music)会来保护并指导她。而她就是在自己的化妆间里经常听到一个神秘的声音来指引她练习,她觉得这就是那个天使。正在这时,Raoul专门来拜访了,原来Raoul认出了台上的Christine就是他儿时的同伴。Raoul准备邀请Christine共进晚餐,于是就出门去取放在外面的帽子。这时,房间里又出现了Phantom的声音。Phantom愤恨地责备Raoul企图引诱Christine离开音乐的王国。Christine被Phantom的声音震慑并引诱,通过Phantom设置在穿衣镜上的机关,跟随Phantom走入暗道。等Raoul回到屋内,已经空无一人。
Phantom用歌声引诱Christine来到他居住的地下湖心的屋内。在这里,他继续用Music of the Night(真TM好听啊!)继续引诱Christine的心智以及表达自己的爱意。Christine最后看到Phantom做的穿戴婚纱的自己的蜡像而晕厥过去。Phantom让Christine躺在床上休息,自己则埋头进行新的歌剧的创作。
于是乎,一切都开始行动,Reyer先生开始负责给大家排练新的歌剧,在嘈杂的排练房里,正在人们忙碌地紧张到了极点的时候,突然放置一旁的钢琴在没有人弹奏得情况下发出了急速的琴声。惊惶失措的Christine夺路逃出。来到了父亲的墓地前,向墓碑上的父亲塑像诉说着自己的忧虑和恐慌,希望能得到他的帮助。突然,Phantom又出现在了她面前。Phantom告诉她自己就是他父亲说的Angel of Music,就是来引导和保护她的。正在这时,Raoul闻讯赶到了墓地,并力劝Christine不要相信Phantom的话。Phantom为了达到目的,企图挑逗Raoul上前跟他决斗,但是Raoul被Christine制止并一起逃离了墓地。Phantom愤怒之余,发誓要报复他们两个人。
演出在合唱中开始了,按照剧情。Piangi扮演的Don Juan和其仆从为了设计引诱由Christine扮演的女主人公,进入舞台上的隔间换上仆从的服装。但是Phantom早已设计好了在隔间内用旁遮普吊索吊死了Piangi,然后换上了演出服装,带上剧情要求的面具,出来和Christine一起演唱了剧中一段优美的咏叹调The Point of No Return。歌声刚落,Phantom按捺不住,用柔和的嗓音,向Christine表明爱意,而Christine也觉出对方就是Phantom,并勇敢地揭下了Phantom的面具,让观众们都看到了Phantom的扭曲的相貌。同时,舞台上的人们也发现了早已死在布景后面的Piangi。在一片惊呼声中,Phantom带上Christine,再次消失在众目睽睽之前,让Raoul精心布置的陷阱落了空。
Christine和Raoul相依走到门口,突然Christine回头跑到Phantom身边,将Phantom之前给她带上的戒指摘下,还给Phantom。Phantom强捺悲哀,目送Christine离去。然后悲哀地唱出“It's over now, the music of the night--”,然后慢慢地走向舞台一角的王座。